«Новую газету» относят к активным представителям «Пятой колонны», трудящейся во имя новой светлой жизни за пределами родины. Противники также выделяют работы некоторых репортеров издания, вроде Романа Анина.
В данный момент газета переживает финансовые трудности. Несмотря на активные инвестиции со стороны западных спонсоров, весной этого года Дмитрий Муратов (главный редактор) сообщал о рассмотрении возможности закрытия печатной версии издания. Вопрос поднимался, несмотря на сведения о крупных размерах неофициальных доходов. По данным Stringer-news.com, «Новая газета» получает значительные суммы от крупных компаний и политиков, использующих прессу для борьбы с конкурентами. Издание зарекомендовало себя как эффективное средство в этой войне, что повлияло на стоимость размещения материалов. Прейскурант вывел газету в лидеры рынка площадок для размещения компромата (как настоящего, так и фиктивного).
В отношении достоверности материала, представленного изданием, не раз возникали вопросы, заставляющие печатать опровержения. Если иностранные либеральные журналисты, вроде Натальи Геворкян, причисляют газету к последним «приверженцам» настоящих расследований, то в России ее обвиняют в злостной необъективности и попытках внесения разлада внутри правящих кругов страны.
Последнее, в частности, вменяется Роману Анину, работающему в издании с 2006-го. В 2013-м специальный корреспондент получил от Международного центра для журналистов (ICFJ) премию Knight International Journalism Award за «дело Магнитского». Последнее одной из первых причин введения санкций против российских чиновников. После этого Анин писал различные статьи, сообщавшие о злоупотреблениях при строительстве Управделами Президента правительственного санатория в Сочи, хищениях средств в сделках по поставкам угля Минобороны или деле о продаже высшим руководством ФСБ земельных участков в Одинцовском районе Московской области возле резиденции президента «Ново-Огарево». Большинство материалов было признано недостоверными в судебном порядке и впоследствии опровергнуто «Новой газетой». Скептики прослеживают в материалах Анина явную нацеленность на руководящих чиновников из силовых структур. Создается впечатление, что журналист таким образом провоцирует внутренние конфликты. Анина также «подозревают» в создании классического имиджа оппозиционного представителя прессы. В частности, вызывают сомнения его сообщения о наружном наблюдении и вскрытии электронной почты. Некоторые представители СМИ проводят параллели с этой информацией и августовской поездкой Анина в Ригу для чтения лекции студентам и журналистам о теневой экономике и об отмывании денег. Помимо филиала Стокгольмской школы экономики, здесь расположен региональный центр ЦРУ. Предполагается, что после «эвакуации» агент влияния может осесть в одной из европейских стран или даже перебраться в США, откуда продолжит вести свои расследования.